Începând cu 16 noiembrie 1990, Institutul de Proiectări pentru Organizarea Teritoriului a devenit succesorul de drept al institutelor „Kolhozvinsadproiect” și „Moldghiprozem”.

Prin Hotărârea Guvernului Republicii Moldova nr. 166 din 24 februarie 1997, IPOT a fost transmis din subordinea Ministerului Agriculturii și Produselor Alimentare în structura Direcției Principale de Reglementare a Regimului Proprietății Funciare și Reformei Funciare a Agenției Naționale de Geodezie, Cartografie și Cadastru.

Conform Hotărârii Guvernului Republicii Moldova nr. 357 din 23.04.2005, Agenția de Stat Relații Funciare și Cadastru a fost reorganizată în Agenția Relații Funciare și Cadastru, în structura căreia a fost inclusă Întreprinderea de Stat „Institutul de Proiectări pentru Organizarea Teritoriului”.

Pentru optimizarea activității, institutul dispune de subdiviziuni teritoriale și în alte municipii și orașe ale republicii: Bălți, Comrat și Tighina.

După comasarea celor două institute, directorul fostului institut „Moldghiprozem”, Victor Cănănău, a preluat conducerea noii Întreprinderi de Stat „Institutul de Proiectări pentru Organizarea Teritoriului”, fiind primul ei director și activând în această funcție în perioada 1990–1998. În perioada în care s-a aflat în fruntea Î.S. „IPOT” a fost elaborat cadastrul culturilor multianuale – plantații de viță-de-vie, livezi, plantații de nuci și pepiniere. Totodată, Victor Cănănău a inițiat reformele funciare în condițiile economiei de piață, a coordonat lucrările de delimitare a terenurilor agricole și determinarea fondului funciar de privatizare. Meritele sale au fost apreciate prin Ordinul „Insigna de Onoare” și alte distincții de stat.

În următorii șase ani, până în 2004, la cârma institutului s-a aflat Ion Manolache, ale cărui cunoștințe teoretice și practice s-au manifestat pe deplin în această funcție. Sub conducerea sa a fost elaborat „Programul de însușire a solurilor degradate și îmbunătățirea fertilității lor”. În această perioadă a fost implementat programul privind reformele funciare și privatizarea terenurilor agricole, fiind elaborate proiecte de organizare a teritoriului pentru diverse forme de gospodărire, precum și lucrări aferente cadastrului bunurilor imobile. Un aport important a avut și în automatizarea lucrărilor de proiectare, evidență și monitorizare a structurii cantitative și calitative a fondului funciar. În perioada postprivatizare a terenurilor agricole, dl Ion Manolache a implementat primul program de delimitare a terenurilor proprietate publică și a inițiat programul de consolidare a terenurilor agricole, în scopul utilizării mai raționale a resurselor funciare în condițiile dezvoltării pieței funciare.

Din 2005 până în 2013, institutul a fost condus de Alexandru Caminschi. A parcurs drumul de la inginer la Institutul de proiectare „Kolhozvinsadproiect” până la inginer-șef de proiect la Institutul de Proiectări pentru Organizarea Teritoriului. S-a remarcat ca un specialist tehnic de înaltă calificare și un manager principial. Printre prioritățile sale s-au numărat optimizarea structurii întreprinderii, atragerea cadrelor tinere bine pregătite, dotarea specialiștilor cu instrumente și aparate geodezice moderne, precum și promovarea transferului tehnologic. O direcție importantă a activității sale a fost implementarea programelor moderne de proiectare și prelucrare a datelor geospațiale, precum și crearea unei baze de date geoinformaționale automatizate. Sub conducerea sa au fost elaborate și aprobate de Guvern Programul de delimitare a terenurilor proprietate publică și proiecte în domeniul consolidării terenurilor agricole. Institutul a participat activ și la realizarea unor proiecte investiționale de interes național privind dezvoltarea infrastructurii și economiei.

În perioada anilor 1990–2014, specialiștii institutului au îndeplinit următoarele tipuri de lucrări:

• ridicări topografice la scările 1:500, 1:1000 și 1:2000;
• perfectarea documentației pentru distribuirea fondului funciar unităților administrativ-teritoriale;
• elaborarea proiectelor de organizare a teritoriilor gospodăriilor țărănești;
• perfectarea documentelor de autentificare a dreptului deținătorului de teren;
• evidența funciară cantitativă și calitativă în unitățile administrativ-teritoriale;
• elaborarea proiectelor antierozionale și ameliorative, inclusiv pentru construcția instalațiilor hidrotehnice;
• elaborarea cadastrului plantațiilor multianuale la nivel de comună, raion și la nivel republican (1996–2000);
• atribuirea și modificarea destinației terenurilor pentru necesități agricole și neagricole;
• pregătirea informației pentru înregistrarea hotarelor tuturor unităților administrativ-teritoriale ale Republicii Moldova și a intravilanului localităților;
• elaborarea Programului de valorificare a terenurilor degradate și sporirea fertilității solurilor, aprobat de Guvernul Republicii Moldova, ale cărui direcții principale au servit drept bază pentru programe precum „Satul Moldovenesc” și „Amenajarea Teritoriului Național”;
• elaborarea proiectelor de înființare a plantațiilor de viță-de-vie și livadă;
• lucrări de delimitare a terenurilor proprietate publică;
• investigații pedologice la diferite scări și pentru diverse necesități;
• cercetări de laborator în domeniile analizei solului și geologiei.